南京农业大学日语系的建设历史可追溯到上世纪60年代。1961年开始开设日语课程,1993年成立外语系，下设英语与日语两个专业。1996年招收本科生，2002年招收研究生。在全国农业院校中最早创办日语专业、最早获准建立日语语言文学硕士点以及翻译专业学位硕士点。是江苏省日语教学研究会会长单位，中国日语教学研究会江苏分会副会长单位。日语系设有日本语言文化研究所和日语培训中心。
日语语言文学专业是校级特色专业和校级重点学科，已经形成了比较稳定、并具有一定特色的研究方向。“日语泛读”是校级精品课程；在教材建设方面，《日语泛读》是“十一五”规划教材，2014年又获“江苏省高等学校重点教材”建设项目。
近年来，日语系的国际交流项目有：日本国际交流基金项目、国际交流基金日本语教师进修项目、“日本学术振兴会”青年教师研修项目，还有江苏省与石川县政府日本语教育合作项目等，同时，长期与日本早稻田大学、宫崎大学、鹿儿岛县立短期大学、千叶大学及日本大和语言教育学院合作，开展学生交换与留学项目。与日本大和语言教育学院合作，建立了我校第一个海外教学实习基地。与江苏省舜禹信息技术有限公司合作建立的（中日翻译）校外实践教学基地被列为学校重点建设项目。日语系中80%的老师具有赴日本留学、进修的经历，学生中有近30%的学生赴海外学习和研修。
学生先后在 “大使杯中国人日语作文大赛”、“朝日杯”日语演讲比赛、“鹿儿岛外国人日语演讲比赛”、江苏省日语配音大赛等比赛中获得较好的奖项。2015届毕业生中有一人获480万日元的留学奖学金。日语专业的毕业生获得用人单位的广泛好评。
日语系现任领导
主 任：卢冬丽 联系电话：025-84396721
副主任：万 枫 联系电话：025-84396721
